Istilah Bioinformatika dan Biologi Molekular

Istilah Bioinformatika dan Biologi Molekular

Basic local alignment search tool (BLAST)

-     program komputer untuk mengidentifikasi gen homolog (serupa) pada organisme yang berbeda.

Bioinformatika

-     ilmu yang mempelajari representasi dan transmisi informasi dalam sistem biologis yang dimulai dari tingkat molekular

-     setiap penggunaan komputer untuk menangani informasi biologis

-     penggunaan komputer dan metode statistika untuk memahami data biologis

-     kreasi dan pengembangan teknologi informasi dan komputasi lanjut untuk permasalahan biologi, terutama biologi molekular

Biologi komputasi

-     pengembangan dan aplikasi data, dengan metode analitik dan teoretis, pemodelan matematik dan teknik simulasi komputasi terhadap studi sistem biologi, perilaku, dan sosial.

Biologi molekular

-     studi tentang struktur, fungsi, susunan molekul yang penting secara biologis.

complementary DNA (cDNA)

-     molekul DNA rantai-tunggal dengan sekuen nukleotida yang bersifat komplementer terhadap sebuah molekul RNA; dibentuk oleh hasil kerja enzim transkriptase reverse terhadap sebuah template RNA

-     DNA komplementer terhadap sebuah molekul mRNA

Deoxyribonucleic acid (DNA)

-     materi genetik yang menjadi dasar hereditas.

Ekspresi gen

-     manifestasi efek gen pada fenotipe

Elektroforesis

-     metode untuk memisahkan molekul-molekul besar seperti fragmen DNA atau protein dari campuran molekul-molekul serupa, dengan menggunakan arus listrik yang dialirkan melalui medium yang mengandung campuran molekul tersebut.

Ensembl

-     sistem perangkat-lunak yang menghasilkan dan memelihara anotasi/keterangan otomatis mengenai genom eukaryotik, dikembangkan sebagai proyek bersama the European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) dan the Sanger Centre.

Fenotipe

-     karakteristik struktural dan fungsional organisme yang dapat diamati, ditentukan oleh genotipe dan dimodulasi oleh lingkungan.

Gen

-     unit fisik dan fungsional dasar herediter

-     sekuen berurut basa nukleotida yang mengkode satu rantai polipeptida (via mRNA)

GenBank

-     gudang informasi sekuen DNA yang dikelola oleh the National Center for Biotechnology Information.

Genom

-     himpunan materi genetika yang lengkap dari manusia, hewan, tumbuhan, ataupun organisme hidup lainnya

-     himpunan haploid kromosom beserta gen yang dimilikinya

-     jumlah konten genetika (total genetic content)

Genomika

– studi tentang genom dan penggunaan gen

-     analisis berskala-besar dengan beban-kerja tinggi terhadap gen ganda, produk gen, atau regio materi genetika

Genomika fungsional

-     ilmu yang mempelajari tentang gen, protein yang dihasilkannya, dan peranan protein tersebut.

Genotipe

-     konstitusi genetik suatu organisme, untuk membedakannya dari penampilan fisiknya (fenotipe).

Homologi

-     sekuen yang saling berkaitan sebagai divergensi dari ansestor yang sama atau memiliki aspek fungsional yang sama

Human genome project

-     upaya internasional yang bertujuan menentukan sekuen lengkap DNA manusia, sebagaimana terkode pada masing-masing di antara ke-23 kromosom.

Kodon (codon)

-     triplet yang dibentuk oleh tiga nukleotida berurutan pada DNA. Tiap kodon membawa kode untuk satu asam amino.

Meiosis

-     proses selular yang menghasilkan sel pembentuk gamet dengan jumlah kromosom direduksi menjadi separuhnya, terdiri atas pembelahan reduksi dengan satu dari tiap pasang kromosom homolog diberikan masing-masing sel anak serta pembelahan mitosis.

messenger RNA (mRNA)

-     RNA yang berfungsi sebagai template untuk sistesis protein.

Microarray

-     slide kaca (atau terbuat dari materi lain), di atasnya ditempelkan molekul-molekul DNA pada titik-titik/lokasi tertentu, digunakan untuk studi ekspresi gen (mengukur tingkat ekspresi gen).

-     kumpulan area reaksi kimia miniatur yang juga dapat digunakan untuk mengetes fragmen DNA, zat anti (antibodies), atau protein.

-     teknologi yang memanfaatkan sumber daya sekuen yang ada untuk mempelajari gen apa yang diekspresikan oleh tipe sel tertentu dari suatu organisme, pada waktu tertentu, dan di bawah kondisi tertentu.

Mitosis

-     proses pembelahan sel yang berlangsung dalam nukleus, menghasilkan pembentukan dua nuklei baru yang masing-masing memiliki jumlah kromosom yang sama dengan nukleus parental.

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

-     institusi nasional di Amerika Serikat sebagai sumber daya informasi biologi molekular, merupakan bagian dari the National Institutes of Health (NIH).

Nukleotida

-     senyawa yang terdiri atas gula pentosa (ribosa atau deoksi-ribosa) yang berikatan dengan basa nitrogen purin atau pirimidin dan gugus fosfat, merupakan unit struktural dasar RNA dan DNA.

Penyearahan global (global alignment)

-     pencarian regio homolog dengan menyearahkan tiap asam amino atau nukleotida pada sekuen yang dipelajari dengan sekuen pasangan yang dikenal.

Penyearahan lokal (local alignment)

-     pencarian regio pendek sebagai padanan hampir sempurna pada salah satu bank data atau basis-data lainnya.

Probes

-     rantai tunggal molekul DNA atau RNA dengan sekuen basa spesifik, yang telah diberi label secara radioaktif atau imunologis, digunakan untuk mendeteksi sekuen basa komplementer dengan hibridisasi.

Proteom

-     jumlah konten protein (total protein content)

Proteomika

-     studi mengenai proteom

-     analisis jumlah konten protein yang diekspresikan oleh sebuah sel

-     ilmu yang mempelajari fungsi protein pada sistem biologis

-     upaya untuk menentukan identitas, kuantitas, struktur, serta fungsi biokimiawi dan selular seluruh protein dalam suatu organisme, organ, atau organel, dan bagaimana sifat-sifat ini bervariasi menurut tempat, waktu, dan keadaan fisiologis.

Ribonucleic acid (RNA)

-     senyawa kimia yang terdapat pada nukleus dan sitoplasma sel, berperanan penting pada sintesis protein dan aktivitas kimiawi sel lainnya; memiliki struktur yang sama seperti DNA.

Sekuen

-     seri kontinu atau terkoneksi, seperti asam amino dalam protein.

Swiss-Prot

-     gudang informasi sekuen protein yang dikelola bersama oleh Geneva University dan the Geneva University Hospital.

Terapi gen

-     prosedur eksperimental yang bertujuan untuk mengganti, memanipulasi, atau mensuplementasi gen non-fungsional atau mis-fungsional dengan gen sehat.

Transfer gen

-     inkorporasi DNA baru ke dalam sel organisme, biasanya melalui vektor seperti virus yang telah dimodifikasi.

Transkripsi

-     sintesis kopi / salinan RNA dari salah satu sekuen DNA (gen), merupakan langkah pertama dalam ekspresi gen.

Transkriptom

-     jumlah konten mRNA (total mRNA content)

-     populasi transkrip mRNA dalam sel, tertimbang menurut tingkatan ekspresinya

-     komplemen mRNA yang ditranskripsikan dari genom sel

Transkriptomika

-     studi mengenai transkriptom

-     studi mengenai kadar mRNA pada seluruh genom

-     analisis transkrip mRNA yang dihasilkan oleh sebuah sel

Translasi

-     proses pembentukan protein dengan menggabungkan asam amino dalam urutan seperti terkode pada mRNA.

Sumber: pusatstudi.gunadarma.ac.id